После восхождения на престол Хатшепсут была провозглашена фараоном Египта под именем Мааткара Хенеметамон со всеми регалиями и дочерью Амона-Ра (в образе Тутмоса I), тело ка которой было создано самим богом Хнумом. Власть царицы, опиравшейся, прежде всего, на жречество Амона, была легитимизирована с помощью легенды о теогамии, или «божественном браке», во время которого сам бог Амон якобы снизошел с небес к земной царице Яхмес для того, чтобы, приняв облик Тутмоса I, зачать «свою дочь» Хатшепсут. Кроме того, в церемониальных надписях утверждалось, что царица была избрана наследником египетского престола ещё при жизни своего земного отца, что не соответствовало действительности. Впоследствии официальная пропаганда постоянно использовала легенду о божественном происхождении Хатшепсут для оправдания её пребывания на престоле.

Приняв титулатуру фараонов, Хатшепсут стала изображаться в головном уборе хат с уреем, с накладной бородкой. Первоначально статуи и изображения Хатшепсут представляли её с женской фигурой, но в мужских одеждах, а в позднейших аналогах её образ был окончательно трансформирован в мужской. Прообразом таких изображений Хатшепсут можно считать немногие сохранившиеся статуи царицы Нефрусебек, для которых также характерна комбинация мужского и женского канона. Тем не менее, в надписях на стенах храмов царица продолжала называть себя прекраснейшей из женщин и отказалась от одного из царских титулов — «Могучий бык».

Так как фараон в Египте был воплощением Хора, он мог быть только мужчиной. Поэтому Хатшепсут часто надевала на официальных церемониях мужские одежды и искусственную бороду, однако далеко не в обязательном порядке: отдельные статуи царицы вроде выставленных в Музее Метрополитен продолжают изображать её в прежнем виде — в обтягивающей женской одежде, но в накидке-немесе и без накладной бороды.

Уникальные рельефы храма в Дейр-эль-Бахри, потрясающие высочайшим уровнем своего исполнения, повествуют об основных событиях царствования Хатшепсут. Так, на стенах портика нижней террасы изображена доставка обелисков царицы из Асуана в Карнак и ритуальные сцены, связанные с идеей объединения Верхнего и Нижнего Египта. Рельефы второй террасы повествуют о божественном союзе родителей Хатшепсут — бога Амона и царицы Яхмес и о знаменитой военно-торговой экспедиции в далекую страну Пунт, снаряжённой царицей на 9-м году правления. Идея единства Обеих земель встречается ещё раз на перилах пандуса, соединяющего вторую и третью террасы храма. Нижние основания этой лестницы украшены скульптурными изображениями гигантской кобры — символа богини Уаджет, — хвост которых поднимался вверх по верхней части перил. Голову змеи, олицетворяющую покровительницу Нижнего Египта Уаджет, своими крыльями обрамляет сокол Хор Бехдетский, бог-покровитель Верхнего Египта.

По краям второй террасы расположены святилища Анубиса и Хатхор. Оба святилища состоят из 12-колонных гипостильных залов, расположенных на террасе, и внутренних помещений, уходящих вглубь скалы. Капители колонн святилища Хатхор были украшены позолоченными ликами богини, устремлёнными на запад и восток; на стенах святилища изображена сама Хатшепсут, пьющая божественное молоко из вымени священной коровы Хатхор. Верхняя терраса храма была посвящена богам, даровавшим жизнь Египту, и самой Хатшепсут. По сторонам центрального двора третьей террасы расположены святилища Ра и родителей Хатшепсут — Тутмоса I и Яхмес. В центре этого комплекса расположено Святая Святых, святилище Амона-Ра, которое было самой главной и самой сокровенной частью всего храма Дейр-эль-Бахри.

Вблизи Дейр-эль-Бахри, также к западу от Фив Хатшепсут приказала соорудить особое святилище в Мединет Абу на месте священного холма Джеме, под которым упокоился в начале времён змей Кематеф, воплощение созидательной энергии Амона-Ра. Однако Хатшепсут вела активное строительство храмов не только в Фивах, но и во всем Египте. Известны скальный храм, воздвигнутый царицей в будущем Спеос Артемидосе в честь львиноголовой богини Пахет, а также храм богини Сатет на острове Элефантина; кроме того, архитектурные фрагменты с именем царицы обнаружены в Мемфисе, Абидосе, Арманте, Ком Омбо, Эль-Кабе, Гермополе, Кусе, Хебену. В Нубии по приказу царицы были воздвигнуты храмы в крепости Среднего царства Бухен, а также в ряде других пунктов — в Саи, Дакка, Семнэ и Каср Ибриме, при этом многие из памятников Хатшепсут, возможно, пострадали во время единоличного правления Тутмоса III.

Хатшепсут умерла около 1468 г. до н. э. Поскольку ещё далеко не достигла преклонного возраста, выдвигались версии как естественной кончины, так и насильственной смерти царицы. Однако проведённый в 2007 анализ мумии, идентифицированной как Хатшепсут, показал, что на момент её смерти, было приблизительно 50 лет и скончалась она исключительно от болезней (рак костей и печени, усиленный диабетом)[источник не указан 227 дней].

Существуют две гробницы, принадлежащие Хатшепсут, но ни в одной из них не было найдено мумии царицы. Долгое время считалось, что мумия Хатшепсут либо была уничтожена, либо её перенесли в другое место захоронения в последние годы правления Рамессидов, когда разграбление гробниц стало массовым явлением, и мумии выдающихся правителей Нового царства перезахоронялись жрецами во главе с Херихором.

Работы над первой гробницей царицы начались ещё в её бытность главной царской женой Тутмоса II. Ранняя гробница царицы расположена в скалах Вади Сиккат Така эль-Зейд, к югу от храма в Дейр-эль-Бахри. Однако она не могла устраивать Хатшепсут, ставшую фараоном, поэтому работы над ней прекратились, а в скалах Долины царей была вырублена основная гробница Хатшепсут — KV20. Она была обнаружена в 1903 Говардом Картером. Первоначальный замысел царицы состоял, видимо, в том, чтобы соединить гробницу с поминальным храмом в Дейр-эль-Бахри грандиозным туннелем, однако в силу непрочности известняковых пород от этой идеи отказались. Тем не менее, рабочие уже успели начать работу над ходом, который был впоследствии превращён в обширную погребальную камеру, куда из гробницы KV38 была перенесена и мумия отца царицы Тутмоса I.
Нам не известно, была ли сама царица когда-либо погребена в великолепном кварцитовом саркофаге, который был найден в этой гробнице пустым. Тутмос III вернул мумию деда в её первоначальное место погребения, и считается, что он мог перенести и мумию мачехи. Фрагменты деревянного позолоченного саркофага, возможно, принадлежавшего Хатшепсут, были обнаружены в 1979 среди обрывков пелён и остатков погребального инвентаря в незавершённой гробнице последнего фараона XX династии Рамсеса XI (KV4).

В марте 2006 года на лекции в Музее Метрополитен один из ведущих специалистов в современной египтологии доктор Захи Хавасс заявил, что мумия царицы обнаружена на третьем этаже Египетского музея в Каире, где она находилась уже несколько десятилетий. Эта мумия, одна из двух найденных в небольшой гробнице в Долине царей (KV60) и вывезенная в Каир в 1906 году, считалась до последнего времени мумией женщины по имени Сат-Ра (Ситре), кормилицы царицы, но не её самой. Косвенными доказательствами принадлежности мумии женщине-фараону являются обнаруженные в гробнице Сат-Ра трон, настольная игра сенет и ушебти с именем Хатшепсут.
Другой претенденткой на мумию Хатшепсут считалась мумия неизвестной царицы Нового царства, найденная в 1990 году в гробнице KV21. Деревянный ящик-канопа с внутренностями царицы Хатшепсут был обнаружен в 1881 году во вскрытом тайнике с царскими телами в Дейр эль-Бахри. Его принадлежность царице XVIII династии также оспаривается, поскольку он мог принадлежать и знатной женщине периода XXI династии, имя которой также звучало как Хатшепсут.

По распоряжению Захи Хавасса вблизи музея в 2007 году разместили генетическую лабораторию, в которой учёным из разных стран мира предстояло проверить предположения о том, какая из мумий действительно принадлежит царице Хатшепсут. В результате проведённого каирскими учёными анализа ДНК мумий 26 июня 2007 года мумия из гробницы Сат-Ра была официально идентифицирована как тело Хатшепсут. Выбирая из изобилия сохранившихся мумий представителей XVIII династии (например, однозначно идентифицирована мумия племянника и пасынка царицы Тутмоса III), учёные остановились на бабушке Хатшепсут Яхмос Нефертари, чей генетический материал и был сравнён с ДНК из мумии её внучки.
Выводы анализа ДНК подтвердило томографическое сканирование, доказавшее, что зуб, ранее найденный в маленькой деревянной шкатулке с изображением картуша Хатшепсут, как раз и является недостающим зубом из челюсти мумии KV60. Это открытие было объявлено «важнейшим в Долине Царей после находки гробницы Тутанхамона».
Исследование мумии Хатшепсут профинансировал американский телеканал «Discovery», который снял документальный фильм по этому поводу, показанный в июле 2007.

В египтологии
Долгое время неординарная личность Хатшепсут была практически неизвестна ни научному миру, ни широкой общественности (хотя существует версия, что она нашла своё отображение в средневековой арабской исторической традиции, приводившей историю вымышленной древнеегипетской царицы Далуки, иногда ошибочно отождествляемой с Клеопатрой VII). Однако благодаря историческим и археологическим исследованиям перипетии жизненного пути Хатшепсут стали привлекать к ней широкий интерес. Начиная с XIX века, в её описаниях доминировали две противоположные тенденции, представлявшие её или правителем, опередившим своё время, или корыстолюбивым узурпатором. Вокруг её имени строились разнообразнейшие немыслимые теории, одна из которых утверждала, что Хатшепсут тождественна доброй египетской царевне, подобравшей из Нила корзинку с младенцем Моисеем и воспитавшей мальчика. Другим интересным моментом, касающимся Хатшепсут, является гипотеза Иммануила Великовского, согласно которой эта египетская правительница отождествляется с библейской царицей Савской, а экспедиция в Пунт — с посещением посольством царицы царя Соломона.

Для академической науки разгоревшаяся в конце XIX — начале XX века дискуссия относительно личности женщины-фараона примечательна решением так называемой «проблемы Хатшепсут». Первоначально считалось, что Хатшепсут была старшей сестрой и женой Тутмоса III. Эта точка зрения базировалась на заблуждении, что замена имени одного царя именем другого обязательно свидетельствует о прямой последовательности их правления. Путаница с картушами Хатшепсут, заменёнными Тутмосом III не только своими картушами, но и картушами её отца и мужа, приводила к объяснению этих процессов междоусобицами между стареющим Тутмосом I и Тутмосом II с одной стороны, и Тутмосом III и Хатшепсут, — с другой.

Эту точку зрения отстаивал немецкий египтолог Курт Зете), утверждавший, что Хатшепсут и Тутмос III вместе сначала свергли Тутмоса I, а затем, вернув престарелого царя, отстранили от власти Тутмоса II. Таким образом, Хатшепсут представлялась амбициозным узурпатором, лишившим власти даже своего отца, а построения относительно наследования Тумосидов выглядели следующим образом: Тутмос I — Тутмос III — Тутмос III и Хатшепсут (соправители) — Тутмос III, отстранивший Хатшепсут, — Тутмос I и Тутмос II — Тутмос II (после смерти старшего Тутмоса) — Тутмос III и Хатшепсут — Тутмос III (единолично). Такая громоздкая схема, насчитывающая четыре государственных переворота за двадцать лет, была подвергнута решительной критике швейцарского учёного Эдуарда Навилля, который, опираясь на новые археологические открытия, предложил собственную теорию, объяснявшую проблему Хатшепсут. Эдуард Мейер усовершенствовал теорию Навилля, что позволило ей впоследствии стать общепринятой.

Несмотря на очевидную несостоятельность своей теории, Курт Зете не собирался отказываться от неё и лишь несколько ревизовал её, упростив до следующей цепи наследований: Тутмос I — Тутмос II и Хатшепсут— Хатшепсут и Тутмос III — Тутмос I и Тутмос II — Тутмос II — Хатшепсут и Тутмос III — Тутмос III. Несмотря на то, что и эта гипотеза грешила воскрешением Тутмоса I и Тутмоса II, якобы вернувшихся из политического небытия в разгар правления Хатшепсут, её придерживались многие видные египтологи, в том числе Борис Александрович Тураев и Джеймс Генри Брэстед. «Проблема Хатшепсут» была окончательно решена Уильямом Ф. Эджертоном, который пришёл к выводу, что если бы правление Хатшепсут действительно было прервано эфемерным правлением её мужа и отца, повреждённые ими картуши Хатшепсут непременно были бы восстановлены после её возвращения на престол.