Генрих вернулся во Францию в самый разгар религиозных войн. 11 февраля 1575 года он короновался в Реймсском соборе. А через два дня женился на Луизе Водемон-Лотарингской. Не имея средств на продолжение войны, Генрих пошёл на уступки гугенотам. Последние получали свободу вероисповедания и участие в местных парламентах. Таким образом, некоторые города, населённые сплошь гугенотами, становились полностью независимыми от королевской власти. Действия короля вызвали резкий протест со стороны Католической лиги, возглавляемой Генрихом Гизом и его братом Людовиком, кардиналом Лотарингским. Братья твердо решили избавиться от Генриха III и продолжить войну с гугенотами. Пока им удалось лишь второе. В 1577 году вспыхнула новая, шестая по счету, гражданская религиозная война, продолжавшаяся три года. Во главе протестантов встал Генрих Наваррский, уцелевший во время Варфоломеевской ночи спешным переходом в католичество. Война закончилась мирным договором, подписанным во Флё. В противовес гугенотской партии Гизы организуют Католическую Лигу, основной целью которой ставится уничтожение кальвинистов. Пытаясь противодействовать Гизам, Генрих объявляет себя номинальным главой Лиги. Гизы организуют несколько покушений на короля, пытаясь вынудить его отречься либо убить.
В 1584 году неожиданно скончался младший брат короля, Франсуа, герцог Анжуйский. У самого Генриха и Луизы детей не было. Вновь встал вопрос о престолонаследии — на этот раз не в Польше, а во Франции. Опять заговорили о гомосексуализме короля, неспособного зачать ребёнка. Однако факты, включающие многочисленные любовные похождения Генриха, а также венерические заболевания его юности, свидетельствуют о том, что гомосексуалистом он не являлся. Скорее всего, все эти сплетни и слухи распространялись Гизами и дошли до наших дней…
Поскольку король не имел детей, наследовать ему должен был ближайший кровный родственник. По иронии судьбы этим родственником (в 21 поколении) являлся всё тот же Генрих Наваррский — Бурбон, женатый, ко всему прочему, на родной сестре короля Маргарите. Сразу же после свадьбы и последующих кровавых потрясений Генрих поспешно вернулся в Наварру, оставив Маргариту в Париже. Когда же из Польши возвратился её брат и стал королём, Марго стала, практически, пленницей во дворце. В конце концов, король позволил ей вернуться к мужу. Следующие три с половиной года прошли, как кошмарный сон. Супруги ссорились, ругались, развлекались на стороне, как хотели. Наконец, в 1582 году, после болезни, Маргарита вернулась к брату. Однако, король заставил её покинуть дворец и вернуться в Наварру. Но и там она не могла оставаться. В 1586 году Генрих III отправил сестру в ссылку в Уссон (провинция Овернь), где она провела 18 лет. В 1599 году, после долгих семилетних переговоров, она получила развод с Генрихом — уже королём Генрихом IV. По согласию с бывшим мужем и его новой женой, Марией Медичи, Маргарита вернулась в Париж. Она занималась благотворительностью, меценатством и воспитанием всех детей Генриха IV (включая Луи — будущего Людовика XIII).
Дж. Б. Тьеполо. «Генрих III в гостях у венецианских патрициев на вилле Контарини».
Тем временем опасная перспектива занятия трона лидером протестантов совершенно не входила в планы Гизов. Лига получила финансовую и военную помощь от Филиппа II, а также и моральную — от папы Сикста V, который проклял Генриха Бурбона. В 1585 году вспыхнула очередная война, названная войной трёх Генрихов (короля, Бурбона и Гиза). Генрих Наваррский одерживал уверенные победы. Его поддерживала английская королева Елизавета и немецкие протестанты. Король Генрих III всеми силами пытался прекратить войну, но осуществить это было очень трудно…
12 мая 1588 года Париж взбунтовался против короля, который вынужден был в спешном порядке покинуть столицу и перенести свою резиденцию в Блуа. В Париж торжественно вступил Генрих Гиз. Лотарингский герцог уже ощущал себя королём. Да, собственно, он и находился в двух шагах от престола. Его восторженно приветствовали жители столицы. Всё чаще в обращении к герцогу звучало «Сир». Несколько месяцев, проведённые в Париже, стали самыми счастливыми в жизни Генриха Гиза. В этой ситуации Генриха III могли спасти лишь самые решительные меры. Король созвал Генеральные Штаты, на которые прибыл и его противник. 23 декабря 1588 Генрих Гиз отправился на заседание Штатов. Неожиданно на его пути оказались гвардейцы короля, которые сначала несколькими кинжальными ударами убили Гиза, а затем уничтожили и всю охрану герцога.
На следующий день по приказу короля был также схвачен, а затем и убит брат Генриха Гиза — Людовик, кардинал Лотарингский. Теперь король сжёг все мосты — обратного пути у него уже не было. Большинство католиков отвернулось от Генриха. А последний заключил союз с недавним своим врагом — Генрихом Бурбоном. Узнав об этом, папа Сикст V проклял также и короля. Тем временем, общими силами оба Генриха осадили Париж.
