Тем не менее, резня в Васси заставляет протестантов во главе с принцем Людовиком Конде взяться за оружие. Одержав несколько побед они оказались разбитыми Франсуа де Гизом в битве при Дрё 19 декабря 1562. Принц Конде попал в плен, но протестанты смогли захватить другого лидера католиков — Монморанси. 4 февраля 1563 Франсуа де Гиз осаждает Орлеан и 24 февраля погибает от трех выстрелов из пистолета в спину. 19 марта Амбуазский эдикт устанавливает первое хрупкое перемирие. 19 августа 1563 Карл достигает совершеннолетия, но реальная власть остаётся в руках Екатерины Медичи.

Франсуа Клуэ, Портрет Карла IX, 1561
Музей истории искусств, Вена.

Амбуазский мир (1563 — 1566)

Амбуазский эдикт не удовлетворил никого и с трудом претворялся в жизнь. Запрет на отправление протестантского культа в городах, учитывая тот факт, что во многих городах и провинциях гугеноты составляли большинство, просто не мог легко прижиться.

В марте 1564 начинается Великая поездка по Франции, организованная королевой-матерью, с целью показать короля народу и страну королю. Планировалось также умиротворить таким образом королевство — маршрут проходил через самые горячие точки королевства начиная с Санса и Труа в Шампани.
30 апреля 1564 кортеж вступает в Лотарингию и останавливается в Бар-лё-Дюк в период с 1 по 9 мая. Карл Лотарингский и его супруга Клод, сестра самого Карла IX крестят своего отпрыска Генриха 6 месяцев от роду. Карл и Филипп Испанский приглашены в крёстные отцы юного принца. Правда, король испанский лично не присутствовал.

В 1566, король останавливается в Мулене, где было решено инициировать многочисленные реформы. По предложению Мишеля де Лопиталя был принят Муленский эдикт, утверждавший неотчуждаемость королевского домена.

В июне 1566 в Памье, несмотря на королевское умиротворение беспорядки возобновляются и протестанты осаждают католические церкви. Католики отвечают настоящим террором: 300 убитых кальвинистов в Фуа.
В августе 1567 протестанты разрабатывают план похищения короля и его матери. 24 сентября Карл и Екатерина Медичи бегут в Мо. 29 сентября некоторых высокопоставленных католиков убивают в Ниме, а затем и в других городах Лангедока. Протестантские войска во главе с Конде и Колиньи доходят до Парижа.

Однако, протестантов разбивают в битве при Сен-Дени (коннетабль Монморанси) 10 ноября 1567, в битве при Жарнаке и в битве при Монконтуре (герцог Анжуйский). Наконец 23 марта 1568 Конде и Екатерина Медичи подписывают договор в Лонжюмо, подтверждённый мирным договором в Сен-Жермен-ан-Ле в 1570.

В дипломатическом плане Карл IX сближается с Англией и Священной Римской империей. Поговаривали даже о его возможном вступлении на имперский трон. В 1570 Карл IX женится на Елизавете Австрийской (1554-1592), дочери Максимилиана II, императора Священной Римской империи (1527-1576) и Марии Испанской. В марте 1571 король и королева торжественно въезжают в Париж. Ведущие деятели культуры того времени участвовали в организации торжеств.

Portrait of Charles IX.

Charles IX et Elisabeth d Autriche

Это решение спровоцировало Варфоломеевскую ночь 24 августа 1572, которая привела к гибели тысяч людей в Париже и других крупных городах Франции. Решительно настроенный удерживать порядок, король приказал прекратить кровопролитие начиная с утра 24 августа, но многочисленные призывы к спокойствию то и дело нарушались.

Эта трагедия явилась поворотной точкой в царствовании Карла IX. Попрание Сен-Жерменского эдикта и бесчинства, творимые королевским окружением, начисто уничтожают какое-либо доверие к королевской власти со стороны протестантов. Надолго покончено и с попытками мирного сосуществования, монархия окончательно вступила на путь полного искоренения протестантизма. Война возобновляется и приводит к осаде Ла Рошели.

В ввиду достаточно неожиданного и во многом загадочного характера развития событий, Варфоломеевская ночь всегда была поводом для дебатов. В частности, историков занимает вопрос о мере ответственности короля. Долгое время считалось, что резня была напрямую инспирирована короной. С XVII века Карла IX считали фанатиком, лично призывавшим к убийству. Памфлетисты и романтики утверждали, что король лично стрелял в протестантов, пробегавших под окнами его дворца, что достоверно не подтверждено.