В своём правлении Генрих IV опирается на одарённых советников и министров, таких как барон де Рони — будущий герцог Сюлли, католик Николя де Вильруа и экономист Бартелеми де Лаффема. Мирные годы позволяют наполнить казну. Генрих IV приказывает построить Большую Галерею в Лувре, которая соединила дворец с Тюильри. Он учреждает план современного урбанизма. Продолжает постройку Нового моста, начатую при его предшественнике. Он организует в Париже строительство двух новых площадей: Королевской площади (теперь площадь Вогезов) и площади Дофин.
В его царствование происходит восстание крестьян в центре страны, которое королю приходится подавлять с помощью армии. В 1601 г. Лионский договор определяет порядок обмена территориями между Генрихом IV и герцогом Савойским. Герцог уступает Франции земли Бресс, Бюже, Жекс и Вальроме в обмен на Салюсский маркизат, расположенный за Альпами.
После подписания договора Генриху приходится сталкиваться с многочисленными заговорами, инспирированными Испанией и Савоей. Ему приходится казнить герцога Бирона и заключить в Бастилию герцога Ангулемского — последнего из Валуа.
Чтобы успокоить прежних сторонников Лиги, Генрих IV благоприятствует возвращению во Францию иезуитов, которые во время войны призывали к убийству короля. Он также мирится с герцогом Лотарингским и выдаёт замуж за его сына свою сестру Екатерину. Генрих старается показать себя примерным католиком и уговаривает сестру, а также своего министра Сюлли перейти в католицизм. Однако и тот и другая проявили в этом вопросе принципиальность.
На момент восшествия на французский престол Генрих являлся крупнейшим феодалом Франции. Различные его феодальные владения были разбросаны по всей стране. Кроме того, он являлся правителем территорий, формально не входивших в состав Французского королевства - таких как Королевство Наварра и смежное с ним графство Беарн, родина Генриха.
Один из конституционных законов старой французской монархии гласил, что все апанажи возвращаются в государство, когда принц, который ими владел, обретает корону. Однако Генрих IV долго противился присоединению своих личных доменов. Письма-патенты от 1 апреля даже декларировали, что они останутся полностью отделенными до тех пор, пока он не распорядится иначе. Парижский парламент опротестовал подобное заявление и отказался его зарегистрировать, несмотря на два последовательных требования. Но другие суды, более послушный или менее независимые, пошли навстречу желаниям государя, и письма были утверждены. Генрих действовал согласно этим постановлениям. Несколькими годами позже (31 января 1599 г.), выдавая свою сестру замуж за сына герцога Лотарингского, он выделил ей в качестве вдовьей части герцогство Альбре, графства Арманьяк и Родез, и виконтство Лимож. Но принцесса прожила мало, и её брак был бездетен. Она продолжала упорствовать в ереси, ни пример, ни призывы её брата не смогли возвратить её в лоно Церкви; и на смертном одре, в ответ на настойчивые увещевания, она отвечала: Нет, я не никогда не приму религии, которая заставила бы меня предполагать, что моя мать осуждена на вечные муки.
После её смерти переданные ей земли возвратились её брату. Тогда Парижский парламент возобновил свои жалобы. Государь пока сопротивлялся; но в 1607 г. когда у него уже было два сына, он, наконец, уступил, отменил письма-патенты и признал, что по факту его восшествия на престол, все фьефы зависимые от короны, возвращаются ей и присоединяются к ней без права отторжения. Наварра и Беарн, суверенные страны, сохранили свое особое положение. Все остальное включалось в Государство. Это были герцогства Алансон, Вандом, Альбре и Бомон, графства Фуа, Арманьяк, Фезансак, Гор, Бигорр, Родез, Перигор, Ла Фер, Марль, Суассон, Лимож и Тараскон, виконтства Марсан, Тюрсан, Гавардан, Ломань, Фезансаге и Тарта, четыре долины – Ор, Барусс, Маньоак и Нест, и столько иных земель, что перечислять их было бы просто скучно. Таким образом, один этот государь увеличил королевский домен почти настолько, насколько все остальные ветви Капетингов вместе взятые. …
— " Жан-Жюстин Монлези "История Гаскони"
Таким образом при Генрихе IV совершилось последнее крупное расширение королевского домена за счет внутрифранцузских феодальных владений. Многовековой процесс преодоления феодальной раздробленности Французского королевства и его объединения в централизованное государство был в целом завершен.
Также следует отметить, что вместе со всеми прочими феодальными владениями и правами Генриха IV к французской короне перешёл и сюзеренитет (совместно с испанским епископством Урхельским) по отношению к Андорре, формально сохраняющийся до сих пор - президент Французской республики по-прежнему остается наряду с епископом Урхельским формальным соправителем этого пиренейского государства.