Изабелла прибыла в Амьен 14 июля, не зная настоящей цели своей поездки. Французы поставили условие «смотра» предполагаемой невесты. Её сразу привели к королю (переодев ещё раз, на сей раз в платье, предоставленное французами, так как её гардероб показался слишком скромным). Фруассар описал эту встречу и вспыхнувшую с первого взгляда любовь Карла к Изабелле:

" Когда она, смущаясь, подошла к нему и отвесила низкий поклон, король бережно взял её под руку и нежно посмотрел ей в глаза. Он почувствовал, что она ему очень приятна, и что его сердце наполняется любовью к этой молодой и красивой девушке. Он мечтал лишь об одном: чтобы она стала скорее его женой. "

17 июля 1385 года состоялось венчание в Амьене. Молодых благословил епископ Амьенский Жан де Ролланди. Через несколько недель после свадьбы приказано было в память об этом выбить медаль, изображающую двух амуров с факелами в руках, должными символизировать огонь любви двух супругов.

На следующий день после свадьбы Карл был вынужден уехать к своим войскам, которые вели боевые действия против англичан, захвативших порт Дамм. Тогда же Изабелла также покинула Амьен, предварительно пожертвовав собору большое серебряное блюдо, украшенное драгоценными камнями, по преданию, доставленное из Константинополя, и до Рождества оставалась в замке Крей под опекой Бланки Французской, вдовы Филиппа Орлеанского. Это время она посвятила изучению французского языка и истории Франции. Рождественские праздники молодые супруги провели в Париже, причём Изабелла, въехав в королевскую резиденцию — отель Сен-Поль, заняла апартаменты, принадлежавшие ранее Жанне Бурбонской — матери короля. Той же зимой было объявлено о беременности королевы. В начале следующего года королева вместе с супругом присутствовала на свадьбе своей золовки Катерины Французской, в возрасте восьми лет вышедшей замуж за Жана де Монпелье.

Позднее молодые супруги обосновались в замке Боте-сюр-Марн, который Карл VI выбрал своей постоянной резиденцией. Карл, готовивший вторжение в Англию, отбыл на побережье Ла-Манша, в то время как беременная королева вынуждена была вернуться в замок, где 26 сентября 1386 года родила своего первенца, названного Карлом в честь отца. По случаю крещения дофина устроены были пышные празднества, его восприемником от купели стал граф Карл де Даммартен, но ребёнок умер в декабре того же года. Чтобы развлечь жену, Карл устроил невероятно пышные празднества в честь наступления следующего 1387 года. 1 января в отеле Сен-Поль в Париже был дан бал, на котором присутствовали брат короля Людовик Орлеанский и его дядя, Филипп Бургундский, поднёсший королеве «золотой столик, усыпанный драгоценными камнями».

Louis d'Orléans dévoilant une maîtresse - Eugène Delacroix

22 августа 1389 года решено было устроить торжественный въезд королевы в столицу Франции. Изабелла и до того была прекрасно знакома с Парижем, где в течение четырёх лет неизменно проводила зиму, однако король, любивший пышные празднества и церемонии, настоял на организации особо торжественного, театрализованного шествия. Королеву, которая тогда была на шестом месяце беременности, везли в носилках, верхом на лошади её сопровождала Валентина, жена Людовика Орлеанского. Жювеналь дез Юрсен, оставивший подробное описание этого дня, писал, что Париж был богато украшен, на площадях били винные фонтаны, из которых девушки-виночерпии наполняли кубки, поднося их любому желающему.

У здания отеля Тритите менестрели представили сражение крестоносцев с арабами Палестины, причём во главе христианского войска находился Ричард Львиное Сердце, предложивший королю Франции присоединиться к нему для борьбы с «неверными». Юная девушка, изображавшая Марию с младенцем на руках, приветствовала и благословила королеву, тогда же мальчики, представлявшие ангелов, спустились с помощью театральной машины с высоты арки и возложили на голову Изабелле золотую корону. Позднее королева прослушала мессу в соборе Нотр-Дам де Пари и пожертвовала Святой Деве корону, преподнесённую ей «ангелами», тогда как Бюро де ла Ривьер и Жан Лемерсье немедленно возложили ей на голову ещё более дорогую корону.

Торжественный въезд королевы в Париж 22 августа 1389 года

Тогда же в процессию внесли сумятицу несколько горожан, пытавшихся прорваться в первые ряды зрителей, впрочем, стражи порядка достаточно быстро восстановили спокойствие, наградив нарушителей палочными ударами. Позднее жизнерадостный молодой король признался, что этими нарушителями были он сам и несколько приближённых, причём спины у них саднили ещё долгое время. На следующий день Изабелла была в присутствии короля и придворных торжественно коронована в Сент-Шапель. Её свадьба и въезд в Париж являются самыми документированными эпизодами жизни; в большинстве хроник так же подробно указываются только даты рождения её 12 детей. Историки сходятся во мнении, что если бы не трагедия с безумием мужа, Изабелла провела бы остаток жизни в тихой анонимности, как и большинство средневековых королев.

В ноябре того же года родился третий ребёнок — принцесса Изабелла, будущая королева Английская. В дальнейшем королева сопровождала супруга в его инспекционной поездке на юг Франции и совершила паломничество в цистерцианское аббатство Мобюиссон и далее в Мелён, где 24 января 1391 года родила своего четвёртого ребёнка — принцессу Жанну.

Делакруа. «Карл VI и Одетта де Шамдивер» — один из приступов безумия короля

Со временем, как утверждают, Изабелла стала вести распутный образ жизни. К мужу ею была приставлена Одинетта де Шамдивер, ставшая его сиделкой-возлюбленной. В замке в Венсенском лесу, где поселилась королева со своим двором, по недвусмысленному замечанию Жювеналя дез Юрсена, «постоянно гостили Ла Тримуй, де Жиак, Борродон [прим. то есть Буа-Бурдон] и другие». Фрейлин королевы обвиняли в расточительном и роскошном образе жизни, их излишества в нарядах доходили до такой степени, что дама в эннене не в состоянии была пройти в дверь и приседала при входе. Одновременно, за чрезмерное влияние на Карла королева изгнала более знатную Валентину Висконти, жену герцога Орлеанского. Впрочем, современные исследователи, полагающие, будто репутация распутницы и честолюбцы сложилась исключительно под влиянием сплетен, считают, что Валентина ушла сама, «дабы не плодить более слухов».

Оказавшись в стране с безумным королём, Изабелла была обречена на то, чтобы принять сторону одной из феодальных группировок, сражавшихся за власть в королевстве. Изабелла взяла на себя ведущую роль в управлении общественными делами при катастрофической ситуации в поздние годы царствования её мужа.

12 января 1395 года на свет появился седьмой ребёнок — дочь Мишель. В 1396 году начались переговоры о замужестве старшей дочери короля, семилетней Изабеллы с королём английским Ричардом II, что привело к очередному обострению отношений между дядей и племянником, так как Людовик Орлеанский был настроен резко против этого брака. Но королева опять приняла сторону Филиппа Смелого, и брак стал реальностью, вместе с чем между Францией и Англией было заключено перемирие на 28 лет. Впрочем, счастья принцессе это замужество не принесло, так как в скором времени непопулярный король Ричард лишился трона, а его малолетняя жена после долгих переговоров в 1401 году вернулась к матери.

В 1397 году родился восьмой ребёнок — Людовик, герцог Гиеньский. 8 сентября того же года, выполняя данный ещё до её рождения обет, Мария, шестая дочь короля, приняла постриг в аббатстве Пуасси. Несколькими годами позднее, видя, что состояние короля не улучшается, королева предложила ей отказаться от монашества, тем более, на руку Марии нашёлся претендент, но та отказалась и, со временем став настоятельницей аббатства, прожила там до 47 лет, когда умерла во время эпидемии чумы.

В следующем 1398 году на свет появился четвёртый дофин — Иоанн, герцог Туреньский. В 1399 году дофин Карл опасно заболел. Как отмечается в хрониках,

" вопреки молитвам, творившимся как в Париже, так и прочих местах, это милое дитя после двух месяцев тяжёлой болезни впало в крайнее истощение, тело его представляло собой лишь кости, обтянутые кожей. "

В Париже ходили упорные слухи, будто дофин чах от медленно действующего яда, королеву обвиняли в том, что она не может или не желает помочь сыну, несколько раз парижская толпа заставляла её выводить ребёнка на балкон, дабы удостоверить, что он ещё жив. Современные исследователи полагают, что дофин скончался от туберкулёза. Он умер 13 января 1401 года и был похоронен в королевской усыпальнице Сен-Дени. Наследником стал его младший брат.

В том же году Париж посетил Стефан Великолепный, отец королевы, которая принялась хлопотать о заключении брака между ним и Изабеллой Лотарингской, но этот план не был осуществлён, среди прочего из-за противодействия Людовика Орлеанского, который в это время имел наибольшее влияние на больного короля. Тогда же им было объявлено, что из двух соперничавших пап Франция отдаёт свою поддержку Клименту VII, державшему свой двор в Авиньоне, в противовес Бонифацию IX, римскому. Раздосадованный этим решением Филипп Смелый явился в Париж во главе армии, но королеве на этот раз удалось уговорить дядю и племянника, оттянув таким образом начало гражданской войны. В октябре того же года королева родила ещё одну дочь — будущую жену Генриха V Английского и Оуэна Тюдора, чей внук, Генрих Тюдор, в результате государственного переворота захватил трон и стал основателем новой династии.

Королева в это время начала стремительно терять популярность у подданных. Её обвиняли в бесконечных вымогательствах, которыми она занималась в союзе с герцогом Орлеанским, чрезмерной роскоши и расточительстве (что соответствует истине — сохранились записи казначейства об уплате 57 тысяч франков, которые по приказу королевы переправили в Баварию, ещё сто тысяч получил её брат Людовик после свадьбы, кроме того, баварцам были переданы из королевской сокровищницы золотое изображение Мадонны с младенцем и золотое, покрытое эмалью изображение лошадки ценой в 25 тыс. франков). В это же время королеву начали обвинять в потворстве и безвольности в том, что касается Людовика Баварского, притом что вопрос об адюльтере не поднимался. Как полагал Мишель Пентуан, бенедиктинский монах из Сен-Дени, слухи эти распускал Иоанн Бесстрашный, чтобы подобным образом дискредитировать своих политических противников:

" Дабы восстановить против них обманутый народ, им были посланы по тавернам подлые людишки, распространявшие лживые слухи о том, что касалось королевы и герцога Орлеанского. "

Утверждали также, что она бросила на произвол судьбы своего супруга, который был вынужден влачить жалкое существование, одинокий, немытый, голодный и оборванный. Это также соответствовало истине, однако не следует забывать, что король был весьма агрессивно настроен по отношению к жене и во время приступов безумия рвал в клочья и пачкал свою одежду (сохранились счета королевского казначея на «замену королевского платья, испорченного мочой названного сеньора»), отказывался от пищи и не подпускал к себе цирюльников и слуг. В конечном счёте, для выполнения гигиенических процедур были выделены дюжие лакеи, надевавшие кирасы под ливреи. Уверяли также, что королева оставила на произвол судьбы собственных детей, и на вопрос, когда он в последний раз видел свою мать, Людовик Гиеньский якобы ответил — «тому три месяца». Стоит, однако, отметить, что сохранились многочисленные счета за одежду и посуду для королевских детей. Людовика Орлеанского обвиняли ещё в том, что он частенько навещает дома терпимости. Королевская казна опустела настолько, что принцесса Жанна, в возрасте шести лет просватанная за Жана де Монфора, герцога Бретонского, в 1405 году обвенчанная с ним, не в состоянии была привезти с собой ожидаемое женихом приданое. 50 тысяч франков требовалось вносить по частям, за что королева просила прощения в письме. И наконец, монах Жан Легран в день Вознесения 1405 года сумел ворваться в отель Сен-Поль, где бросил в лицо королеве обвинения в расточительстве и распущенности, царившей среди её придворных дам, что опять же соответствовало истине, если верить документам того времени.

Поль Леюгер. Убийство Людовика Орлеанского.

июле 1405 года герцог Бургундский Иоанн Бесстрашный пошёл на Париж во главе небольшого отряда из 700 латников. Ходили слухи, что его брат спешит на помощь, ведя за собой несколько тысяч вооружённых людей. Поддавшись панике, Изабелла и Людовик Орлеанский решили бежать, увозя с собой дофина. 17 августа 1405 года под предлогом охоты в лесах под Мелёном они поспешно выехали из столицы, оставив в Париже дофина, больного лихорадкой, под присмотром Людовика Баварского. Уже на следующий день граф де Даммартен поднял больного с постели. Двигаясь вверх по Сене, им удалось достичь Витри, где путешествие пришлось прервать из-за ненастья. В это же время, узнав о бегстве королевской семьи, Иоанн Бесстрашный верхом пустился в погоню и на дороге возле Жюизи перехватил беглецов. Этот эпизод позднее стал известен как «попытка похищения дофина королевой и Людовиком Орлеанским». Королева предпочла задержаться в Мелёне до конца сентября, позднее перебралась в Корбей и наконец вернулась в столицу 21 октября 1405 года. Во время её отсутствия в Париже возник и упорно держался слух, будто она захватила с собой казну.

Иоанн Бесстрашный, обеспечив себе поддержку со стороны горожан и Парижского университета, постепенно стал прибирать к рукам власть. Обеспокоенный этим, герцог Беррийский 1 декабря того же года заключил союз с королевой и Людовиком Орлеанским, но это уже не могло изменить ситуацию. 23 января следующего, 1406 года, Иоанн Бесстрашный добился своей цели, королевским приказом официально получив все права и должности, принадлежавшие его покойному отцу. Людовик Орлеанский в то время отсутствовал, но после его возвращения в Париж Иоанн Бесстрашный пригласил соперника к себе и передал ему приказ, назначавший брата короля наместником Гиени — вероятно, пытаясь таким образом заставить его принять случившееся.

26 июня 1406 года двор выехал в Компьень, где праздновалась свадьба старшей дочери короля Изабеллы и её кузена Карла Орлеанского. Как отмечалось в хрониках, в этот день Людовик Орлеанский был одет в малиновый упеланд и чёрный бархатный пурпуэн с нашитыми на нём 700 жемчужинами. Для того, чтобы окупить этот костюм, в переплавку были отданы два серебряных кубка, золотой кувшин для умывания и несколько изображений святых. Брак оказался недолгим, три года спустя Изабелла умерла во время родов. В том же году Иоанн Французский, герцог Туреньский, женился на Якобине Баварской и, по настоянию тестя, отправился в Геннегау, где ему предстояло править.