Похоронив сына, Изабелла написала Геннегаускому двору, требуя возвращения в Париж своего младшего сына, Иоанна Туреньского, который отныне становился наследником французского престола. После долгих переговоров тот пустился в путь, но не доезжая Парижа, умер 4 апреля 1417 года в Санлисе от «опухоли позади уха» — как полагают, речь шла о мастоидите. Потеряв второго сына, Изабелла вынуждена была писать Иоланде Арагонской, при дворе которой жил Карл, отныне дофин королевства французского. Иоланда якобы отвечала весьма категорично:
" Женщине, которая живёт с любовниками, ребёнок абсолютно не нужен. Не для того я его кормила и воспитывала, чтоб он помер под вашей опекою, как его братья, или вы сделали из него англичанина, как вы сами, или довели до сумасшествия, как его отца. Он останется у меня, а вы, если осмелитесь, попробуйте его отобрать. "
Впрочем, современные историки высказывают сомнения в подлинности этого письма, указывая на то, что Карл жил при анжуйском дворе сравнительно недолго, хотя и до конца жизни сохранил огромное уважение к теще, а также на то, что королева и позднее поддерживала переписку с Иоландой, что трудно было бы представить после столь недвусмысленной отповеди. В том же 1417 году Изабелла была сослана в Блуа. Поводом тому послужил инцидент с дворянином Луи де Буа-Бурдоном. По официальной версии этого происшествия, однажды вечером король прогуливался в Венсенском лесу. Луи де Буа-Бурдон (или как иногда пишут его фамилию — Боредон (фр. Bosredon)), один из придворных королевы Изабеллы, проехал мимо него верхом, причём вместо того чтобы сойти с коня и поклониться королю, как то предписывал этикет, лишь лениво приветствовал его взмахом руки. По приказу короля слуги под руководством Таннеги Дюшателя силой стащили Бурдона с коня и препроводили в Бастилию, где тот немедленно был подвергнут пытке «кобылой», причём от арестованного требовали признаний в интимной связи с королевой. Однако добиться от него ничего не удалось, и на следующее утро Бурдон был задушен, его тело зашито в кожаный мешок с надписью «Дорогу правосудию короля» и утоплено в Сене. Официальный приговор гласил, что Бурдона казнили за «многие преступления». Некоторые современные авторы приводят данные, будто королева пыталась освободить Бурдона и была удержана силой по приказу супруга, притом что первоисточник подобных сведений неизвестен, и сама эта история со временем обросла многими беллетристическими подробностями.
С другой стороны, существует предположение, что арест Буа-Бурдона был не более, чем интригой, за которой стоял Бертран д’Арманьяк, желавший таким образом избавиться от королевы, чтобы полностью захватить в свои руки власть, исподволь влияя на решения безвольного и легко поддающегося чужим наговорам дофина. Именно поэтому Буа-Бурдон был казнён тайно, причём официально его «преступления» никогда не были названы — за полным отсутствием таковых. В то же время в народе усилились настроения, враждебные королеве, в Париже циркулировали слухи, обвинявшие её не только в бесконечных любовных приключениях, но даже в отравлении супруга, которого она якобы сознательно сводила с ума. Интересно, что и в настоящее время существуют приверженцы этой гипотезы, называющие даже яд — ЛСД, в избытке содержащийся в спорынье, т. н. «ржаных рожках». Отравление спорыньей — эрготизм — действительно было достаточно распространено в Средние века, но в основном проявлялось у низших классов, вынужденных в голодные годы питаться поражённой рожью. Впрочем, большого числа приверженцев эта точка зрения не имеет.
Так или иначе, Изабелле было предписано выехать из Парижа вначале в Блуа, затем в Тур, где её держали практически на положении арестованной. Изабелле ничего не оставалось, кроме как просить о помощи своего прежнего врага Иоанна Бесстрашного, чем тот воспользовался. Историки расходятся во мнении о том, кому принадлежала идея похищения королевы и её придворных дам из местного собора, где она предавалась молитве, — Иоанну или ей самой. В любом случае, дело увенчалось успехом, Изабелла примкнула к рядам бургиньонов, Иоанн Бесстрашный, как утверждают, стал её любовником. Вместе они учредили правительство в Шартре, затем в Труа, которое составляло конкуренцию парижскому. «В 1418-м, когда Иоанн Бесстрашный взял реванш, она вместе с ним триумфально вступила в Париж, где её присутствие придавало видимость законности англо-бургундским переговорам». Тогда же был убит главный противник бургундской партии — Бернар д’Арманьяк, в то время как дофину Карлу чудом удалось бежать из города. Население приняло Изабеллу доброжелательно — парижане надеялись, что примирение бывших врагов приведёт наконец к прекращению бесконечной цепи междоусобиц и разорения страны.
